Con il cambio orario del 14 dicembre 2014 è prevista una parziale riorganizzazione del servizio Malpensa Express.

Tra le novità si prevede che tutti i treni da e per la stazione di Milano Cadorna fermeranno anche a Milano Bovisa e che saranno aggiunte alcune corse dalle stazioni di Milano Centrale e Milano Porta Garibaldi.

Pertanto, dalla stazione di Milano Bovisa ogni 15 minuti ci sarà un treno da e per l'aeroporto di Malpensa.

Lo scorso 26 agosto 2014 è stato siglato un accordo tra il Ministero delle Infrastrutture e dei Trasporti e il Gruppo FS Italiane, attraverso la Società operativa Rete Ferroviaria Italiana, che promette l'avvio entro il 2014 dei primi studi per rafforzare la dotazione di infrastrutture ferroviarie legate agli aeroporti.

Per Malpensa si ipotizzano un'evoluzione e breve termine con nuovi collegamenti ad alta velocità, una a medio termine per potenziare i collegamenti diretti con Milano e una lungo termine con nuovi collegamenti alle infrastrutture ferroviarie verso Nord.

Sono partiti i lavori per il prolungamento del collegamento ferroviario a Malpensa dal Terminal 1 al Terminal 2 con la costruzione di una nuova stazione di fronte al Terminal 2.

Durante i lavori preliminari appena avviati non sono mancate le sorprese. Scavando sono state rinvenute oltre 50 bombe da oltre 250 chilogrammi ciascuna risalenti al periodo dell seconda guerra mondiale.

Confermato lo stanziamento di 30 milioni di euro da parte di Regione Lombardia, che si sommano ai 23 milioni di co-finanziamento da parte della Comunità Europea e ai 16 milioni di Sea, per la realizzazione del collegamento ferroviario tra il Terminal 1 e il Terminal 2 dell'aeroporto di Malpensa e la contestuale costruzione della nuova stazione ferroviaria al Terminal 2.

Si attende conferma dal Governo del rimanente finanziamento necessario per arrivare a coprire i 115 miloni di euro stimati per l'esecuzione del progetto.

ll progetto definitivo è stato approvato dalla Regione Lombardia a ottobre 2012 in linea tecnica ed è stato oggetto di procedura di VIA regionale.

Entro la prossima primavera, se le procedure non subiranno battute d'arresto, si terrà la Conferenza di Servizi ministeriale per l'approvazione del progetto definitivo al quale seguirà la gara per l'affidamento dei lavori.

Partiti i cantieri, l'opera dovrebbe venir realizzata in 18 mesi e comunque entro dicembre 2015.

Dal 9 giugno 2013 sono state soppresse le ultime due corse del Malpensa Express che partivano dalla stazione di Milano Cadorna alle 23:58 e alle 00:28.

Pertanto, l'ultima corsa ora disponibile da Milano Cadorna parte alle 23:28 e arriva a Malpensa alle 23:57.

L'ultima corsa in partenza da Milano Centrale rimane invece alle 23:25 e arriva a Malpensa alle 00:17. 

Sempre a partire dal 9 giugno 2013, tutte le corse serali del Malpensa Express che partono da Milano Cadorna effettuano anche la fermata di Milano Bovisa.