Dal 9 giugno 2013 sono state soppresse le ultime due corse del Malpensa Express che partivano dalla stazione di Milano Cadorna alle 23:58 e alle 00:28.

Pertanto, l'ultima corsa ora disponibile da Milano Cadorna parte alle 23:28 e arriva a Malpensa alle 23:57.

L'ultima corsa in partenza da Milano Centrale rimane invece alle 23:25 e arriva a Malpensa alle 00:17. 

Sempre a partire dal 9 giugno 2013, tutte le corse serali del Malpensa Express che partono da Milano Cadorna effettuano anche la fermata di Milano Bovisa.