Il servizio di collegamento diretto con Malpensa effettuato da Trenitalia con i treni Frecciarossa da e per Napoli, Roma, Firenze e Bologna è stato sospeso.
Per quanto possa apparire paradossale, la motivazione appare collegata all'incidente avvenuto nel mese di aprile 2012 a oltre 600 km dall'aeroporto.
A causa dello scontro che ha messo fuori uso due convogli della flotta Frecciarossa, Trenitalia ha dovuto riorganizzare l'utilizzo del suo materiale rotabile.
A partire dal giorno dell'incidente di Roma Termini, i treni Frecciarossa originariamente diretti a Malpensa terminano o iniziano la loro corsa alla stazione di Milano Centrale, anzichè alla stazione ferroviaria posta al Terminal 1 dell'aeroporto.
Dalla stazione di Milano Centrale è comunque possibile raggiungere l'aeroporto di Malpensa con i treni Malpensa Express che partono dal binario 3.